目前，内地与香港间司法协助主要存在以下几个问题：
（一）缺少有效及有系统的法律依据
内地与香港进行司法协助的法律依据有三种：
一是借用国际条约作为内地与香港进行司法协助的依据。香港回归之前，中国与英国并未签订任何双边性民商事司法协助国际条约，而仅共同参加了《关于向国外送达民事或商事司法文书和司法外文书公约》（海牙公约）和《承认及执行外国仲裁裁决公约》（纽约公约）。由于香港的回归，内地与香港作为一个主权国家内不同法域之间的司法协助，再利用这些公约显然不妥。
二是内部立法。目前内地的主要法律依据是我国民事诉讼法，该法第四编涉外民事诉讼程序的特别规定可以作为内地与香港进行司法协助的依据。但它属于内地的本地法，虽然用来解决涉外法律事务，但是它只是内地法域的单方面规定，也不是香港基本法中规定的适用于香港的全国性法律。它的效力只有在香港接受规定的前提下才具有合法性。如果香港接受规定的话，也必须修改香港基本法。
三是不同法域之间通过协议，解决内地与香港之间的司法协助问题。这种方式已为香港基本法所肯定。香港基本法第九十五条规定，香港特别行政区可与全国司法机关通过协商依法进行司法方面的联系和相互提供协助。
虽然回归之后，内地与香港就送达司法文书及承认与执行仲裁裁决分别达成协议，但是，两地之间的调查取证及承认与执行法院判决至今仍然没有达成协议。此外，互相送达司法文书虽然已实行数年，但是，程序繁琐且需时很久，使得整个诉讼的时间延长及费用增加。同时，内地与香港双方采用的是法院系统之间签订备忘录的方式，没有综合整体的合作机制及法例。
（二）司法协助的范围较为狭窄
作为一个主权国家内部的不同法域间的司法协助，其司法互助的领域应该更广泛。但是，内地与香港间的司法协助，除原有的互相送达司法文书、仲裁机关的仲裁裁决的承认与执行及商谈中的代为调查取证及对法院判决书的承认与执行外，还应包括诉讼、仲裁的财产及证据保全、互免司法文件公证等。其中，财产及证据保全是保证法院判决与仲裁裁决有效执行的一个重要手段。因此，有必要扩大内地与香港之间民商事司法协助的范围，以便更有效地保护当事人的利益，维持社会经济秩序。